醫(yī)療垃圾可燃成分中塑料和橡膠裂解產(chǎn)物含有較多不飽和烴，發(fā)煙性高，形成的粉塵顆粒易被煙氣帶走；醫(yī)療垃圾中的含氯有機物與鹽類物質(zhì)分解產(chǎn)生的氯化氫氣體本身就是一種二次污染物；氯元素在爐內(nèi)易形成二噁英前驅(qū)物質(zhì)，增加了煙道內(nèi)不完全燃燒有機轉(zhuǎn)化為劇毒二噁英的可能性；醫(yī)療垃圾熱解焚燒處理過程容易產(chǎn)生多種有害物質(zhì)，雖然這些有害物質(zhì)濃度不高，但危害性非常大，因此必須控制醫(yī)療垃圾熱解焚燒處理過程產(chǎn)生的污染物。

為降低醫(yī)療垃圾熱解焚燒處理對環(huán)境的二次污染，醫(yī)療垃圾熱解處理設(shè)備除焚燒爐主體外，還必須具有高效的煙氣凈化系統(tǒng)，煙氣凈化系統(tǒng)應(yīng)包括煙氣冷卻、酸性氣體脫除、煙塵脫除、二噁英脫除等功能。

醫(yī)療垃圾完全焚燒產(chǎn)生的煙氣成分應(yīng)為二氧化碳和水等，由于醫(yī)療垃圾成分復(fù)雜、性質(zhì)多樣，在焚燒過程中將發(fā)生許多復(fù)雜的化學(xué)反應(yīng)，即使采用熱解焚燒工藝，只能使產(chǎn)生的不完全燃燒物質(zhì)含量降低，仍無法達到理想的完全分解狀態(tài)。煙氣中含有多種不同性質(zhì)的污染物，不完全燃燒的產(chǎn)物（一氧化碳、炭黑、烴等），粉塵（炭黑、惰性金屬鹽類及金屬氧化物）酸性氣體（二氧化硫、氮氧化物、氟化氫、氯化氫等），重金屬（Pb、Cd、Hg及其化合物等），二噁英類有機污染物。應(yīng)當(dāng)根據(jù)醫(yī)療垃圾熱解焚燒產(chǎn)生的煙氣特性，經(jīng)過有效的凈化處理才能排放。

污染物的產(chǎn)生與垃圾成分、煙氣凈化裝置、焚燒爐型、燃燒工況等密切相關(guān)，煙氣中固體顆粒污染物主要是被助燃空氣和煙氣吹起的未燃凈盡小顆粒；干式反應(yīng)塔內(nèi)酸性氣體和二氧化碳與生石灰粉發(fā)生化學(xué)反應(yīng)的生成物；被煙氣吹起的活性炭觸媒吸附器中活性炭粒子，固體顆粒污染物的去除主要由袋式除塵器完成。氮氧化物很難以一般的方法去除，考慮到在高溫條件下，助燃空氣中的氮是主要的產(chǎn)生源，可以通過控制焚燒過程中的過剩空氣量、爐膛溫度以及控制燃燒環(huán)境為還原環(huán)境等措施加以控制。醫(yī)療垃圾中硫的含量較低，焚燒煙氣中硫氧化物含量相對氯化氫的含量要小得多，因此醫(yī)療垃圾焚燒煙氣的控制主要集中在粉塵，氯化氫、重金屬和二噁英類污染物。